2000年，三校合并成立了上海應用技術學院。2001年，welcome海洋之神首次進行了實驗室設置，2002年12月第一次調整，2004年根據welcome海洋之神“實驗中心（室）設置管理辦法”對實驗室設置進行了重新規劃和設置。2010年學校主體搬遷至奉賢校區后，為進一步加強教學實驗室的建設和管理，理順管理體制，適應學校的建設和發展，更好地滿足一線工程師應用型創新人才培養的需要，學校開展了教學實驗室設置審定確認工作。目前，全校共有1個國家級實驗中心，2個市級實驗教學示范中心，6個校級實驗中心，15個院級實驗中心，共計98個實驗室。